ढगाळ हवामानात रोग पसरवणाऱ्या बुरशी, जिवाणू, विषाणू आणि किडी यांची तीव्रता वाढते व यामुळे कमी कालावधीत पिकाचे मोठे नुकसान होते. कांदा पिकात मोठ्या प्रमाणात रसशोषक किडी व करपा व पीळ रोगांचा प्रादुर्भाव होतो.
बऱ्याच वेळी महागडी औषधे फवारून सुद्धा रोग व किडींचे नियंत्रण चांगल्या प्रकारे होत नाही. अशा वेळी एकात्मिक रोग व कीड नियंत्रण आवश्यक ठरते. उत्पादन खर्च कमी करण्यासाठी खालील बाबी लक्षात घेणे आवश्यक आहे.
१) हंगामानुसार एखाद्या भागात लागवड एकाच आठवड्यात पूर्ण करावी.२) दोन हंगामामध्ये अंतर राखून रोगजंतूंचा किंवा किडींचा जीवनक्रम तोडता येईल.३) रोपवाटिकेत व शेतात ट्रायकोडर्मा व्हिरीडी हेक्टरी १.२५ किलो ५०० किलो शेणखतात १५ दिवस आधी मिसळून जमिनीत टाकावे.४) प्रमाणित बियाणे वापरावे. तसेच बीजप्रक्रिया करणे आवश्यक आहे.५) पिकाची फेरपालट करावी.६) पाण्याचा चांगला निचरा न होणाऱ्या जमिनीत कांदा लागवड करू नये.७) रोपे नेहमी गादीवाफ्यांवर लावावीत.८) कांदा पिकासाठी जैव-कीटकनाशक, नैसर्गिक, जैविक मिश्रणे यांचा वापर विविध कृषी कीटकांवर नियंत्रण ठेवण्यास मदत करतात. ९) ट्रायकोडर्मा (एक जैव-बुरशीनाशक), ब्युवेरिया बसियाना (एक जैविक कीटकनाशक), कडुनिंबाचा अर्क आणि काही सूक्ष्म पोषक घटकांचा वापर करावा.१०) कांदा पिकातील रसशोषक किडींसाठी चिकट सापळे वापरता येतात.