मैथिली जावकर ही अभिनेत्री असण्यासोबतच राजकीय क्षेत्रात देखील तिचा वावर आहे. भारतीय जनता युवा मोर्चाची ती उपाध्यक्षा होती. पण भारतीय जनता युवा मोर्चाचा माजी मुंबई अध्यक्ष गणेश पांडेने तिच्यासोबत गैरवर्तन केले असल्याचा आरोप केला होता. या प्रकरणाची त्यावेळी चांगलीच चर्चा रंगली होती.
४ ते ६ मार्च २०१६ च्या दरम्यान देशभरातील भाजयुमोच्या संघटनेची राष्ट्रीय पातळीवर एक परिषद मथुरा येथे आयोजित करण्यात आली होती. या परिषदेसाठी मुंबई भाजयुमोचा अध्यक्ष गणेश पांडेसह उपाध्यक्षा असलेली मैथिली जावकर सहभागी झाली होती. त्यावेळी त्याने अश्लील भाषेचा वापर करत आपला विनयभंग केला, अशी तक्रार मैथिली जावकरने मुंबई भाजपाचे अध्यक्ष आशिष शेलार यांना लिहिलेल्या पत्रात केली होती.
या प्रकरणाविषयी बोलताना मैथिलीने मीडियाला सांगितले होते की, 'गणेश पांडे गैरवर्तन करत असताना भीतीमुळे कोणीही समोर आलं नाही. आशिष शेलार यांनी मला आणि गणेश पांडेला बोलावून आमचं म्हणणं ऐकून घेतलं होतं. दोघांची बाजू ऐकल्यानंतर आशिष शेलार यांनी गणेश पांडेचा राजीनामा घेतला होता. गणेश पांडेवरील कारवाईनंतर मी समाधानी होते.
पण या प्रकरणात गणेश पांडेने मैथिलीवर सार्वजनिकरित्या आरोप केल्यावर तिने पोलिसांकडे तक्रार नोंदवली होती. तिने सांगितले होते की, मनी आणि मसल पॉवर असलेल्या गणेश पांडेविरोधात बोलण्यास लोक घाबरतात. स्वाभाविकच, माझ्या बाजूने बोलणारं कुणीही नव्हतं. त्यामुळे गप्प राहण्याशिवाय माझ्यासमोर दुसरा पर्याय नव्हता, मी काहीही करू शकत नव्हते. तरीही, न राहवून मी माझी तक्रार आशिष शेलार यांच्याकडे दिली. हे प्रकरण तिथेच संपले होते. पण गणेश पांडेने माझ्यावर धांदात आरोप केल्याने मी हिंमत करून पोलिसांकडे तक्रार दाखल केली होती. गणशे पांडे आणि तिथे असणाऱ्या सगळ्यांची नार्को टेस्ट झाली पाहिजे, त्या दिवशी रेल्वे डब्यात काय झालं ते सर्वांनाच माहीत आहे, पण सगळेच बोलायला घाबरताहेत, असा दावाही तिने केला होता.