होळी या सणाला अनेक पौराणिक संदर्भ आहेत. लहान मुलांना पीडा देणाऱ्या "होलिका", "ढुंढा", "पुतना" ह्यांसारख्या राक्षसींच्या दहनांच्या कथांमधे ह्या उत्सवाच्या परंपरेचा संदर्भ मिळतो. एका पौराणिक कथेनुसार भगवान विष्णूचा भक्त असलेल्या प्रल्हादाला मारण्यासाठी हिरण्यकश्यपूने धाडलेल्या होलिकादेवतेचा श्रीविष्णू देवाने वध केला होता. होलिकेला वर होता की तिला अग्नी जाळू शकणार नाही, परंतु प्रल्हादाला जाळण्यासाठी तिने त्याला मांडीवर घेऊन अग्निकुंडात प्रवेश केला. प्रल्हाद बचावला व होलिकेचे दहन झाले अशी आख्यायिका प्रचलित आहे. अशाप्रकारे, हिंदूंच्या इतर सणाप्रमाणे होलिका दहन देखील वाईटावर चांगल्याचा विजयाचे प्रतीक आहे. वाईट गोष्टींवर विजय मिळवणे ही या सणाची व्याख्या आहे.
याबरोबरच आणखी दोन कथांचा होळीशी संबंध आहे. त्या कथा पुढीलप्रमाणे :
देवाधिदेव महादेव यांना मदनारी म्हणतात. समर्थ रामदास यांनी लिहिलेल्या शंकराच्या आरतीतही 'सुंदर मदनारी' असा त्यांचा उल्लेख आढळतो. मदनारी म्हणजे मदनाचा अरी अर्थात मदनाचा शत्रू, त्याचा नायनाट करणारा कर्दनकाळ! मदनाला, कामाला भुलून अनेक जण आपल्या तत्त्वांपासून ढळतात, मात्र महादेवांनी कामदेवावर विजय मिळवला, नव्हे तर त्याला नष्ट केला ती रात्र होती फाल्गुन पौर्णिमेची अर्थात होळीची रात्र!
रती आणि कामदेव यांच्या रासक्रीडेमुळे शंकराची समाधी भंग झाली आणि त्यांनी क्रोधादित होऊन कामदेवाला जाळून टाकले. अंशरूपी कामदेव त्यांना शरण आला आणि गयावया करू लागला, तेव्हा शंकरांनी त्याला अभय दिले आणि पुनरुज्जीवित केले तो दिवस होता रंगपंचमीचा! मात्र तेव्हा त्याला सांगितले, की जो भक्त माझी उपासना करत असेल त्याला तू त्रास देणार नाहीस. त्याने तसे वचन दिले, तेव्हापासून विषय वासनेवर मात मिळवण्यासाठी भगवान शंकराची पूजा करण्याचा प्रघात सुरू झाला.
हरिहर पुराणानुसार, ब्रह्मभोजात भगवान शंकर ढोलकी वाजवतात तर भगवान विष्णू बासरी वाजवतात. माता पार्वतीने वीणावर तरंग निर्माण केले आणि माता सरस्वतीने वसंत ऋतूतील रागात गाणी गायली. तेव्हापासून पृथ्वीवर दरवर्षी फाल्गुन पौर्णिमेला गाणी, संगीत आणि रंगांनी होळीचा सण साजरा केला जात असे.
त्याचप्रमाणे होळीच्या दिवशी पुतना राक्षसिणीचा श्रीकृष्णाने वध केला आणि ही वार्ता पुढच्या चार पाच दिवसांत गोकुळात कळली, तेव्हा सगळ्यांनी मिळून रंगोत्सव साजरा केला.
त्यामुळे होळीच्या दिवशी केवळ होलिकेची पूजा न करता भगवान शिव शंकराची, तसेच गोपाळकृष्णाची पूजा करण्याचाही प्रघात आहे.