पुणे- डाॅ. दाभोलकर यांच्या विषयी फारशी माहिती नव्हती. आपण ज्यांना मारत आहोत हे दाभोलकरच आहेत का असा प्रश्न शरदाच्या मनात आला होता. मात्र एका व्यक्तीने दाभोलकरांना सुप्रभातच्या शुभेच्छा दिल्यानंतर शरदचा टार्गेट सेट झाला. त्यानंतर त्याने दाभोलकर यांच्यावर गोळ्या झाडून त्यांची हत्या केल्याचे सूत्रांकडून सांगण्यात आले.
डॉ. दाभोलकर यांच्या हत्येसाठी सचिन अंधुरे हा औरंगाबादहून त्याच दिवशी पुण्यात दाखल झाला होता. तर शरद कळसकर हा पुण्यात दाभोलकरांच्या संपूर्ण हालचालींवर लक्ष ठेवून होता. संशय येऊ नये म्हणून दोघांनीही स्पोर्टस ट्रॅक सूट घातला होता. ठरल्याप्रमाणे दोघेही दाभोलकर यांचा पाठलाग करत होते. हत्येची जागा ही पूर्वनिश्चित केली होती. पुण्यात २० आॅगस्ट २०१३ रोजी पहाटे नेहमीप्रमाणे पुण्यातील ओंकारेश्वर मंदिराजवळील महर्षी शिंदे पुलावर दाभोलकर मॉर्निंग वॉकसाठी आले होते. त्यावेळी दोघेही त्यांच्या मागावर होते, त्यांनी दाभोलकरांना शिंदे पुलावर गाठलं. मात्र आपण ज्यांचा खून करणार आहोत ते नेमके दाभोलकर आहेत का ? असा प्रश्न अचानक शरदच्या मनात आल्यानंतर तो काहीसा संभ्रमात पडला होता. नेमका त्याच वेळी सकाळी व्यायामासाठी आलेल्या एका व्यक्तीने दाभोलकरांना नावाने हाक मारून नमस्कार केला. त्यानंतर हेच दाभोलकर आहेत, याची शरदला खात्री पटली. शरदने लागलीच पिस्तूल काढून दाभोलकरांवर गोळ्या झाडल्या. या गोळीबारात त्यांची हत्या झाल्याचं तपासात पुढे आल्याचे सूत्रांनी सांगितले. या प्रकरणी अधिक तपास एटीएस आणि सीबीआय संयुक्तरीत्या करत आहेत.